福建省水利工程协会设立秘书处，为理事会的常设办事机构，负责处理本会日常工作，实行理事会领导下的秘书长负责制。秘书处下设综合部、行业服务部、会员服务部。

（一）综合部

一、负责制定协会规章制度，做好重要事项的催办。

二、负责组织召开协会会长办公会、常务理事会、理事会和会员代表大会有关工作。

三、负责协会文秘、档案、文件和邮件管理工作。

四、负责协会行政信息、对外宣传、联络、接待等工作；负责协会网站管理和会刊印制发行工作。

五、负责协会职工人事、劳资管理、合同管理、社会保险等工作。

六、负责财务、会计核算，财务审计和编制年度预决算报告工作。

七、负责协会固定资产管理、资产运营及收益管理工作。

八、负责后勤、交通、物业管理和安全保卫、保密、信访工作。

九、负责党建、精神文明建设；工会、共青团、妇女工作。

十、承办领导交办的其他工作。 

（二）行业服务部

一、开展有关政策调研工作，组织行业统计、行业调查和发布行业信息工作。

二、协助制定有关水利行业有关考核、评价规定；承担有关技术标准组织编写工作。

三、组织开展行业自律检查，协助开展水利建设市场主体信用等级评价有关工作。

四、组织开展水利工程建设“安全生产月”活动、“质量月”活动，协助做好水利建设工程质量与安全管理工作。

五、组织开展福建省水利工程建设“闽水杯”优质水利工程、文明工地等评先表彰工作。

六、组织开展水利水电工程建设工法评审工作，并与有关对口机构开展工法交流工作。

七、根据行业发展需要，组织相关课题研究、技术攻关、项目咨询、评估、成果推广、信息交流与合作等工作。

八、做好建设项目的施工、监理、质量检测合同争议、调解等服务工作。

九、承办领导交办的其他工作。

（三）会员服务部

一、开展有关政策调研工作，负责制定水利行业资质及从业（执业、职业）人员资格管理、教育培训的规章制度。

二、负责协会会员管理与服务工作，协调会员关系，维护会员的合法权益。

三、负责水利行业有关从业（执业、职业）人员资格管理工作。

四、开展水利行业专业技术人员培训，负责有关从业（执业、职业）人员资格培训工作。

五、组织开展从业（执业、职业）人员继续教育工作。

六、负责或受委托承担水利行业会员单位资质管理工作。

七、负责从业（执业、职业）人员证书管理工作。

八、负责水利建设市场主体及其有关从业（执业、职业）人员信用信息的采集、发布、维护更新等日常管理工作。

九、承办领导交办的其他工作。